Permasalahannya ada dua. Pertama, ada file-file konfigurasi milik GlassFish yang ternyata hanya bisa dibaca oleh root (OS saya Linux). File-file tersebut ada di folder:
/usr/local/glassfish-3.0.1/glassfish/domains/domain1/config/Tambahkan hak akses bagi group dan other agar bisa membaca semua file konfigurasi yang ada di folder tersebut.
Permasalahan kedua, jika waktu NetBeans di install dua server, yakni Tomcat dan GlassFish, maka kedua server tersebut akan bentrok. Berbeda dengan NetBeans 6.8 ke bawah dimana Tomcat mendapat port 8080 dan GlassFish mendapat port 8084, pada NetBeans 6.9, kedua server tersebut diset pada port yang sama. Solusinya? Uninstall salah satunya. Atau kalau tidak mau, ubah konfigurasi pada file domain.xml di folder:
/home/kholimi/.netbeans/6.9/config/GF3_1/domain1/config/Pada baris berikut, ganti port 8080 menjadi 8084:
Selamat menjalankan aplikasinya.